故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。                 &nb

　　女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量

天地灵气孕育出一颗能量巨大的混元珠，元始天尊将混元珠提炼成灵珠和魔丸，灵珠投胎为人，助周伐纣时可堪大用；而魔丸则会诞出魔王，为祸人间。元始天尊启动了天劫咒语，3年后天雷将会降临，摧毁魔丸。太乙受命将灵珠托生于陈塘关李靖家的儿子哪吒身上。然而阴差阳错，灵珠和魔丸竟然被掉包。本应是灵珠英雄的哪吒却成了混